特种集装箱和一般集装箱其实并没有太大区别。由于各种不同的要求，需要对集装箱的结构和设备进行不一样的设计和改装。由于它使用比较广泛，因此特种集装箱有很多的分类，以下来简单介绍一下主要的几个特种集装箱品种。
开顶式特种集装箱，这是一种没有箱顶或顶部打开的集装箱，装卸货品时要运用起重机将重货从其顶部装入箱内或卸出。这种集装箱适于装载玻璃板、钢铁制品、胶合板、机械设备等超高货品。
框架式特种集装箱，这是一种没有箱顶和箱壁、箱端壁可卸下，只留箱底和四角柱来承受货载的集装箱。这种集装箱一般适用于不可装入杂货集装箱或开顶集装箱内的长大件、超重件、轻泡货、重型机械、钢材、钢管、裸装设备等，会发生会集负荷的重货、超标准货品、不怕风雨突击的货品，需求从箱顶或箱侧面装载的货品，以及需求在箱内固定的货品。
散装式特种集装箱，这是用以装载大豆、大米、麦芽、面粉、饲料以及水泥、树脂、硼砂、化工原料等散装粉粒状货品的集装箱。对一些需求植物检疫的货品，比如关于进口粮食，有的需求在港外锚地进行熏蒸消毒。可以在散货集装箱上设置投入熏蒸药的开口，以及熏蒸气体排出口，而且可要求这种集装箱在熏蒸时能坚持彻底气密。
罐状式特种集装箱，这是一种适用于装载酒类、油类、化学品、危险品等液体货品的集装箱。这类集装箱具有适用于装载这类货品的特殊结构和设备。装货时，货品由罐顶部的装货孔进入;卸货时货品由底部排出孔靠重力效果自行流出，或由顶部装货口吸出。
1、鲜活货物。
比如活鱼、虾等，因为海运运输相对其他运输方式，在时间上更长一些，鲜活类货物如果使用集装箱海运的话，在运输的过程中货物就会变质。
2、货物重量超过集装箱的较大承重重量的，这种货物不能通过集装箱海运。
3、特大尺寸的货物不能使用集装箱海运，一些大的配件超高、超宽，这些货物只能通过散货船放在船舱或者甲板上来运输。
4、集装箱不办理军事运输。
企业办理集装箱海运运输的，按商运办理。军事运输使用自备集装箱的，不再按集装箱运输条件办理。
在集装箱货物运输中，为了船、货、箱的安全，必须根据货物的性质、种类、容积、重量和形状来选择适当的集装箱；否则，不仅对某些货物不能承运，而且也会因选用不当而导致货损。